Patogeneesissä tutkitaan sairauden kehittymistä ja siihen liittyvää tapahtumaketjua, jotka vaihe vaiheelta määrittävät vaurioituneisiin elimiin kuuluvien solujen ja kudosten morfo-toiminnalliset muutokset. Nämä muutokset voivat johtua kemiallisista, fysikaalisista tai biologisista tekijöistä (virukset, bakteerit jne.).
Voisimme siis määritellä patogeneesin mekanismina, jolla etiologinen tekijä (syy -aine, esimerkiksi bakteeri tai säteily) määrittää taudin. Ei ole sattumaa, että termi patogeneesi on peräisin kreikkalaisten sanojen liitosta patos"tauti", esim synty, "luominen".
Vaikka etiologia määrittelee syyt, patogeneesi tutkii seurauksia.
Lukeessamme lääketieteellisiä tekstejä voimme siis kohdata termejä, kuten: mikrobien patogeneesi, tulehduksellinen patogeneesi, viruksen patogeneesi, pahanlaatuinen patogeneesi (sairauden, yleensä kasvaimen, taipumus pahentua asteittain, kunnes siitä tulee mahdollisesti tappava). Monet sairaudet tunnistavat erilaisia syytekijöitä (monitekijäinen etiologia) ja vielä useammat ovat niitä, joille on ominaista erilaiset evoluutiomekanismit (moninkertainen patogeneesi).