Terveen ja hyvin hydratoituneen potilaan virtsanhaju on normaalisti "sui generis" eikä sisällä sellaisia pahoja hajusteita. Itse asiassa puhumme normaalisti aseptisesta nesteestä, joka sisältää vaihtelevia pitoisuuksia jätteitä riippuen ruokavaliosta, terveydentilasta ja nesteytys ja lääkkeiden saanti.
Huono haju virtsassa voi siis olla merkki patologisista tiloista, mutta ei välttämättä.
(jotka myös vaihtavat väriä ja siirtävät sitä kohti vaaleanvihreää), kukkakaalia ja valkosipulia seuraa tyypillisesti haiseva virtsa.(koska pahan hajun aiheuttavat liuenneet aineet lisäävät niiden pitoisuutta; virtsa saa siten erityisen tumman värin ja ominaisen ammoniakin tuoksun);
Kystiitti, virtsatieinfektiot, pyelonefriitti (munuaisinfektiot), virtsaputki, eturauhastulehdus ja emätintulehdus (tässä tapauksessa ongelma ei välttämättä liity virtsateihin, kun otetaan huomioon anatomiset läheisyydet - lisätietoja: katso: emättimen haju);
Maksan vajaatoiminta
Diabeettinen ketoasidoosi ja ketonuria (myös tyypillistä pitkittyneelle paastoamiselle, johon liittyy runsas virtsa, makea tuoksu, samanlainen kuin asetoni);
Rektovaginaalinen fisteli;
Fenyyliketonuria (harvinainen sairaus, joka esiintyy syntymästä lähtien);
B-6-vitamiinilisien käyttö
Aineenvaihduntahäiriöt;
Vaahterasiirapin virtsatauti (harvinainen);
Trimetyyliaminuria tai kalanhajuoireyhtymä (harvinainen);
Jotkut lääkkeet voivat myös muuttaa virtsan hajua, mukaan lukien jotkut antibiootit, kuten amoksisilliini, ampisilliini, nitrofurantoiini, siprofloksasiini, norfloksasiini, ofloksasiini ja trimetopriimi.
Pahan virtsan hajun syitä voidaan tutkia yksinkertaisella virtsa -analyysillä ja viljelyllä (mahdollisten bakteeri -infektioiden etsimiseksi).